e藏阁与许多同类软件普遍采用的通用型数据库（比如微软的ACCESS）不同，e藏阁采用自己开发的自定义数据库，完全根据需要量身订做，可以对数据库进行字节级控制，这样就保证了e藏阁在功能上具有几乎可以说是无限的可扩充性。正因为e藏阁所具有的对数据库的强大控制力，e藏阁才在能够做到每一个数据都真正支持所有文件格式，并且实现了可以同时处理多个（目前定义的为50个）数据库的功能。
安全性。安全性可以说是数据库类软件的生命。安全性包括两个方面：一是数据本身的安全性。不安全表现在有些数据库会莫名其妙地丢失数据或出现奇怪的数据错误，而任何一个不可恢复的数据错误都可能对用户来说是灾难性的。在这方面，e藏阁尽了最大努力，自3.0.0.8版起，e藏阁用户任意一天任意一次对任意一个数据库的操作都被记录下来，即使因为突然掉电而导致数据库索引未能保存，也至少可以恢复到上一次关闭数据库时的状态。如果掉电前保存过数据，在重新启动该数据库时，e藏阁会自动恢复最近一次的保存结果...
